Биофизика. (шпаргалка к экзамену)

Во-вторых, конформационные изменения могут играть роль для выполнения собственно рабочего действия белка или для перехода от одного режима действия к другому.

Примеры: K/Na-АТФаза, Воротный механизм ионных каналов, аллостерическая регуляция ферментов.

34.

Внутримолекулярная динамика белка. Изменения конформации гемоглобина при оксигенации. Роль аллостерических регуляторов.

Каждая субъединица гемоглобина несёт одну группу гемма, расположенную между F и E спиралями глобина. Атом Fe образует 4 связи с атомами азота пиррольных колец, одну связь с гистидином и одну связь с O2 или CO2.

Функционально гемоглобин может находиться в двух конформационных состояниях:

Высокоспиновое:

d-электроны расположены таким образом, чтобы число неспаренных электронов было максимальным. Диаметр атома больше и выступает над плоскостью гема. Атом железа имеет 5 связей и способен присоединять кислород.

Низкоспиновое:

d-электроны расположены таким образом, что число неспаренных электронов минимально. Атом железа имеет меньший радиус и находится в плоскости гема. Железо имеет 6 связей.

Переход в низкоспиновое состояние происходит при присоединении кислорода, это приводит к уменьшению радиуса атома железа и втягиванию его в плоскость гема. Это перемещение вызывает изменение всей конформации полипептидной цепи глобина. Конформационные изменения одной субъединицы вызывают изменения других субъединиц. Это приводит к тому, что атом железа втягивается в плоскость гема до присоединения кислорода, что вызывает повышение сродства гема к кислороду. Таким образом, присоединение последних атомов кислорода к гемоглобину происходит легче. Таким образом происходит кооперативное взаимодействие субъединиц гемоглобина.

Аллостерическая регуляция происходит аналогичным образом. Присоединение регулятора к ферменту вызывает комплекс конформационных перестроек, что приводит к изменению функциональной активности фермента, его активации.

35.

Прогнозирование и дизайн белковых структур.

Для расчёта пространственной структуры на основе АК последовательности используют два общих подхода:

· Гомологичное моделирование

Создаётся база шаблонов первичной структуры и их структурообразующих свойств. Сходства последовательностей достаточно для сходства пространственной структуры.

· Математическое моделирование

Производится расчёт структуры с минимальной свободной энергией или моделируется наиболее оптимальный процесс сворачивания структуры. Этот метод более точен, но требует намного больших вычислительных мощностей. Для него используются сети распределённого вычисления и суперкомпьютеры.

"Метод протягивания" заключается из предположения о том, что большинство вариантов третичной структуры уже известны. Производится перебор конформаций, расчёт их стабильности и выбор конформации с минимальной свободной энергией.

Направление белкового дизайна занимается моделированием белков с заданными свойствами. Главной проблемой этого направления является нестрогое соответствие между структурой и функциями белка. Существуют белки со схожей пространственной структурой, но выполняющие разную функцию, и наоборот.

Методы белкового дизайна подразделяются на: теоретические (основаны на знании соответствия между структурой и функциями АК последовательностей в реальных белках) и практические (основанные на методах точечных мутаций и синтеза искусственных белков).